國會公共賬目委員會強調，峇株巴轄醫院提升工程計劃出現多項弊端，公共工程部應及早發現工程中不符合醫院規格的問題，公賬會建議將疏忽及延誤工程的承包商列黑名單。
公賬會主席拿督斯里哈山阿里芬發文告指出，公賬會今日向下議院提呈峇株巴轄醫院提升工程計劃報告，公共工程部以直接談判的方式頒發提升工程合約，該項工程是由隸屬該部的公共工程局興建，因此應及早發現工程弊端。
他說，政府以直接談判方式委任承包商時，須依據他們財務及技術能力來做出決定，尤其是涉及衛生部設施的工程，因此工程部應將在峇株巴轄醫院提升工程中犯下疏忽及延誤工程等錯誤的承包商，列入黑名單。
此外，公賬會建議財政部檢討政府直接付款給採用設計及興建方式的工程顧問，以確保工程獲得監督及制衡。
2014年第3系列國家總稽查司報告揭露，將近2億令吉的峇株巴轄醫院提升工程錯漏百出且出現劣質工程，例如醫院內的新電梯不符合規格，連病床都無法進入電梯內。
報告發現，提升工程導致醫院手術室及深切治療部未能使用長達1至4年，工程部卻提前一年發出竣工證書，導致原本應向承包商追討的1334萬令吉工程延誤賠償被迫作罷。
